A kriptában a Gyász és az Öroklét c. szobrok Andreas Schrott bécsi szobrász művei. Az első teremben a középkori templomban eltemetett érsekek romok közt megtalált sírlapjai vannak. A záró rotundában a bazilikát építtető prímások sírjai láthatóak, 1991 óta itt nyugszik Mindszenty József bíboros is. Az altemplom egyiptomi stílusú, Vitéz János és Széchy Dénes epitáfiumával.